当然了，巡抚和总镇虽由一人兼任，但这两个职位却是属于两个系统的。巡抚是文官，上面是内阁六部。总镇是武官，也就是总兵，上级是抚军大元帅府。而巡抚的下级是布政使、按察使和知府。总镇的下级则是所辖的诸卫和配属在总镇司下的水陆兵团。

顺便提一下，路振飞拉起来的淮扬团练稍后也会改编为淮扬水师、克难新军第一师和淮扬巡标。其中8000余人的克难新军第一师将由大元帅府直辖，是排在克难新军前后左中