而郑森也要离开南京，他授了个钦差遣日使的差遣，这次要出使日本国——以大明钦差大臣的名义出使，而且是乘坐阿方索.洛佩斯为朱慈烺买来的，由葡萄牙水手驾驶的盖伦船前往日本。还会带去朱慈烺送给江户幕府第三代将军德川家光的国书和亲笔信。

作为朱慈烺的使臣，郑森有两项重要的使命：一是力争在日本本土设立使馆，并且缔结《明日通商协定》。

日本国的乱世刚刚结束三十年，德川幕府也正处于鼎盛时期