因，三大舰队隶属两个系统，东洋、北洋两舰队现在都属于海军司管辖，而南洋舰队则属于东宁节度使司节制。

而为了在战时统一指挥，所以大明海军司就奏请朱皇帝，设立了一个空壳舰队——大明海军远征舰队。在必要的时候，这支壳舰队就能拿出来，然后将三洋舰队的主力舰往里面装了。

在朱慈烺批准了先下手为强，突袭马尼拉湾的作战方略后，郑建功就请命出任了远征舰队提督，而飞翔号就成为了舰队的旗舰，挂上了