中路协和西路协则会合并设立密云镇，密云总兵被派给了率兵自宣府入卫的侯世禄。

而燕山、密云两镇之上，也设了一个燕云总督衙门，由高宏图出任燕云总督。而高宏图的顺天巡抚，则由洪承畴接任。

此外，由于侯世禄调任密云，宣府总兵一职就空缺出来，朱由检则让宣府出身的黑云龙去接任，同时让曹文诏接了黑云龙的职位，出任帐前军总镇。曹文诏的团参将一职，则由原本的营游吉朱纪（御马监三营出身）接任。