六扇门占地广阔，其内部结构错综复杂，共由十六个为黄金捕头的分部组成，此外还设有一座深不可测的诏狱、一座藏书丰富的藏经阁，以及众多库房和后勤部门。

这十六个黄金捕头分部，每一个都是独立运作的单元，而孙靖所领导的，仅仅是其中之一。

每个黄金捕头分部下辖四个白银捕头分部，每个白银捕头分部又指挥着四个青铜捕头，形成了层层递进的管理结构。