从组织结构的树状图来看，顶层的九州科技集团总部设有21个职能部门，下辖数个核心实验室。

这些职能部门和核心实验室是整个集团指挥中心，负责集团的资源配置、战略发展、统筹协调以及监督检查。

之后集团的二级单位分为三类，分别是实体产业公司、控股子公司和全资子公司，按照业务板块、地理区域以及特殊业务进行划分。

上面这些二级单位，各自还可以有许多三·级单位。