碇源堂和碇真嗣父子最后走不同的道路，碇源堂不断人类补完，碇真嗣不断重启。之所以父子做了不同的选择，主要还是因为碇源堂的目标是自己内心限定的小爱，只能在内心寻找幸福。

而碇真嗣的目标是大家幸福，这就不是说自己心里认为就够了。碇真嗣吃饱了，不能就认为别人也吃饱了，碇真嗣幸福了，不能就认为别人也幸福了，他无法依靠自己一个人完成目标。

因为目标不同，所以父子走了两条不一样的路。