在开藩设府镇守云南的头几年里，是拥有全权的。用兵、用人、用财，都由他一人说了算。朝廷完全不过问，只管掏钱给兵费。

而吴三桂也敢于用人、用权，把云南一省上下的官员几乎都换成了“西选”，还利用兼管贵州的机会，安插了不少心腹在贵州担任地方官。

另外，吴三桂在入主云南之前还在四川和张献忠的余部以及明朝的残余打了好几年。许多四川的地方官和镇守将领，也都是他的人。

而被吴三桂提拔