后，军令部是海军最高指挥机关。

目前担任参谋总长的是闲院宫载仁亲王，担任军令总长的是伏见宫博恭王，这两个人都是皇族，他们是替日本天皇执掌陆海军部队。

一直到太平洋战争爆发之前，也就是1941年，这两个人才奉天皇命令，辞去职务，因为裕仁是担心万一作战失败，会加重皇室罪责，所以才让他们辞去职务的。

但在侵华战争中，在华夏国日军每一次作战，都是由参谋总长闲院宫载仁亲王下达的