府城应该归地方巡检司和知府衙门管理，但因武昌府城同时又附郭省城，巡检司衙门主要负责城西南的金口镇、鲇鱼口，以及城东北的浒黄洲安全，府衙衙役则负责城里的治安，城门完全交给了军方。

武昌城外原本驻扎有武昌卫、武昌左卫和武昌右卫三个卫所，同时在城内也都有落脚地，平时三个卫所轮流抽调人马把守城门。后来武昌右卫被废，兵马一部分分流到其他两个卫所，其余由都司衙门直辖。

为统调方便，此后武昌