识到日本、南洋、朝鲜、安南这些地方的文化，深受中国的影响。而中国文明昌盛、是世界第一大国和第一强国，如果能在中国传播福音成功，便可不费吹灰之力的影响整个东亚文化圈。但当时明朝闭关锁国，除了官方正式派遣的使节外。中国禁止一切外国人进入。沙勿略要光明正大的传教。也不可能偷渡入境，只能先带领忠诚的追随者，前往东海之滨的日本。

在那里，他依然取得了不错的成绩，甚至成功使九州岛大名松浦隆信等皈依，