会审结果是有两个版本，文官和厂卫系统无法取得一致。

按照文官的意见，聚众谋反和曲阜孔家无关，当代衍圣公有鼓动闹事之责，并且孔家不法之事甚多，因此，废去当代衍圣公，另外择一孔家贤能接任衍圣公爵位。曲阜县令负有治理地方之责，不能再从孔家选取，而是要朝廷委派。

这个处理结果，如果从以前的观点来看，算是非常严重了。孔家的权力，被进一步缩小在孔府中了，只负责孔庙这块。