都指挥使司、卫、所的行政体制后，陆续委任藏族首领担任都指挥使司和卫所的官职。并有了川藏，青藏两大入川路线，大大加强了与藏地的商业往来，尤其是提高了川藏线的地位和作用。西藏使团进贡、回赐频繁。与此同时，茶马贸易繁盛，藏区一次市马有上万匹之多，换茶数十万斤，官民贸易均极活跃。

尤其是茶叶，在明代大规模传进西藏，对西藏当地土人的生活起到重大影响。明朝在雅州、碉门设置的茶马司，每年有数百万斤茶叶