利略这样的科学家，于是这个机构便在那些对欧洲历史没什么兴趣的人们眼中成为了一个由狂热而残忍的教士主导的机构。这些教士拷打、残害并杀死敢于挑战教会权威的人。

在后世的时候，教皇约翰?保罗二世为了解开大家对宗教裁判所这个机构的错误认识。于是在1998年的时候向来自世界各地的三十位学者开放了宗教法庭的档案，随后那些学者们写出了长达八百页的报告，并在罗马召开新闻发布会将之公诸于众。

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