后一直到了北宋熙宁六年（1073年）才再次设县，并更名“昌国县”。“昌国县”于大明洪武年间裁撤，此后舟山一直属于宁波府定海县（注：时定海为如今镇海）管辖。清代肇建之后，鲁监国曾率部在舟山地区坚持多年，为此，清廷虽两度迁海民入境，但却依旧在昌国（舟山）本岛设置了舟山总兵以监视反清武装。[]

不过舟山地区的岛屿众多，清廷水师的力量有限，并不能全部掌控整个海域，因此留给了反清武装以较大的活跃空