师温州镇之下设左、右两营，并设磐石水师营和玉环水师营，所部总计官兵四千一百二十七员，各式战船五十五只。

康熙二十五年又因为郑军舟山队进袭宁海和海门（注：淑江口）增设了水师海门协，下辖宁海营、海门、太平三营，计副将以下官兵一千九百二十七员，船二十八只。

康熙二十六年初，原浙江水师提督所属左路水师总兵改称定海镇总兵，下辖中、左、右三营，设有游击、守备、千总、把总等官四十四员，兵二千