裁判所内部的职能分工是这样的，除了教宗掌管绝对权力之外，第二和第三审判长负责对异端的裁决以及解决教会的各项隐患，说白了，他们负责裁判所的武力。

除了两位审判长之外，还有五位书记长。

书记长是负责情报方面的事宜，散布在世界各地的暗探都是由五位书记长掌管，每日里有大量的情报会传递到阿尔吉斯，由五位书记长筛选。

基本上，这七个人加上教宗，就构成了裁判所的权力中心。