避免了指挥使一级的重要将领私设幕僚窃取军队的可能；为行营及军一级的大将轮调制做好铺垫，不会使军队因为主将的轮调而大幅削弱指挥作战的能力。

军事参谋部下辖禁营军（都指挥使赵虎）、靖江水师（都指挥使葛存雄）、南阳行营（长山军都指挥使敖沧海）、荆州行营（崇城军都指挥使周周）、东南水师（都指挥使赵青山兼制闽东行营军）、寿州行营（凤离军都指挥使宁则臣）及徐州行营（淮阳军都指挥使刘妙贞）、济州行营（