在《瘟疫公司》里，病毒不会主动扩散，靠区域内的人被感染之后到别国旅行才能扩散出去带到世界各地。而病毒本身可以进化，病毒感染的人越多，玩家就会得到更多的病毒点数，然后在天赋树上点出更恶毒的致病基因，使得病毒更不容易被医生发现，致死率更高，传播更迅猛。

有些瘟疫种类是需要花钱买的，这是游戏的收入模式。其中又以潜伏属性非常重要，因为医生一旦在病毒爆发之前发现它，就会制作疫苗、隔离疫区等