漕运总督的属下有理漕参政、巡漕御史、郎中、监兑、理刑、主事等级别和职掌各不相同的属官。

督催有御史、郎中，押运有参政，监兑、理刑管洪、管厂（造船厂），管闸有主事。

文官武将及各种官员达270多人；还下辖仓储、造船、卫漕兵丁2万余人。

而且漕运总督权威重，有亲辖武装部队，还有水师营，亲辖“漕标”共分本标左、中、右、城守、水师七营，兵额三千四百余人，并节制鲁、豫、苏、徽、