实际上问题却出在宋应昌与李如松的文武不和上。

宋应昌是石星亲自保奏出任经略的，但李如松在很多事上不听宋应昌的节制。

而宋应昌与李如松不和，更深一层演变为南兵与北兵之不和。这一次入朝南军将领杨元，吴骆尙志，吴惟忠都是宋应昌一手保举的。

这当然是石星，宋应昌平倭必用南军的主张。所以最后造成南兵服从宋应昌，北军听令于李如松的情况。

特别在平壤之役后，出现了南北军争