但后来直贡寺也不知道是不是蒙古王庭怀恨在心，还是两个教派之间的成王败寇。元世祖忽必烈在世时，萨迦本钦·阿迦仑奏请忽必烈派兵进藏攻入止贡峡谷，焚烧止贡提寺大经堂，摧毁十八尊巨佛和七座多门塔，据说在这次战争中杀死止贡噶举派僧侣和属民一万多人，历史上称这次事件为“林洛”——意为寺院之变。林洛以后，止贡噶举实力大为衰落。

不过本朝的元太祖乃是后世之人，他如果是知道这一段历史，以此来说服枳