，排挤翟让，当上瓦岗山首领，号称混世魔王。

可他不过是李密的棋子，当李密控制全局的时候，下手杀了翟让。程知节狡猾的主动让贤，把首领职位给了李密。

虽然李密取得大权，但瓦岗军却离心离德，就连秦琼也不愿再出力。李密被王世充击败，接受建议投靠隋朝越王杨桐。杨桐让他出兵对抗杀死隋炀帝的宇文化及，李密再次失败，不得已投降李渊。

秦琼这些人也都归顺了李世民。当初李密战败，维护翟让