澎湖巡检司，设立于蒙元至元十八年，是管理澎湖诸岛和东番诸岛的地方机构。

大明立朝之初也沿袭了这一巡检司的设置，并将其归属为泉州府同安县治下。

不过，由于海禁的原因，洪武十七年的时候澎湖巡检司便被裁撤了，直到嘉靖年间，为了清剿倭寇，大明朝廷又复设了澎湖巡检司。

澎湖距离泉州府其实还不到三百里，距离南澳也才四百余里，这点距离