初平二年，九月四日，祖茂率兵占据会稽最后的一个县城，东治县（后世的福州市），会稽郡之战正式结束，江东军一举拿下整个会稽郡。

九月十日，孙坚拜程普为会稽太守，祖茂为郡尉，孙贲为南部都尉，三人文武相互辅助，镇压因为会稽之战而带来的动乱。

九月十二日，孙坚仅仅带领着自己身边的三千亲兵，便返回了吴县，主持江东大局。

随着会稽之战的落幕，孙策所统领的丹阳之战也开始收尾，