天启四年二月，南居益亲自乘船抵达金门，下令明军渡海出击，收复澎湖，总兵俞咨皋、守备王梦熊，率战舰两百余艘，水师官兵一万余名，登陆澎湖，与荷兰殖民者接战。

但是，由于荷兰殖民者在岛上建筑了坚固的工事，再加上他们的坚船利炮，明军久攻不下。

天启四年七月，南居益令福建都司沿海各卫所调集福船战舰前往支援，开始对澎湖的荷兰殖民者发动总攻。

天启四年八月，明军兵分三路，直逼