要还是因为南直隶辖区虽有十五个府又三个直隶州，但却没有设布政使司、提刑按察使司和都指挥使司，这三司的职权实际上是由南都六部负责的。 其中，南都户部职权最大，南京户部不但负责征收南直隶以及浙江、江西、湖广诸省的税粮，同时还负责漕运、全国盐引勘合及全国黄册的收藏和管理。 而南都兵部则和南都守备太监、南都守备勋贵一起负责南直隶的守备，南直隶四十九个卫所事实上都是由南都兵部负责指挥调动