葬父却不能免。张居正归葬其父时，令尚宝司护送，结果雒遵竟然坚辞不肯，于是再次得罪了张居正。直至万历十年张居正因病去世，冯保被贬南京，雒遵才升为太仆寺卿，不久改光禄寺卿，后调为都察院右佥都御史，巡抚四川。万历十三年夏，四川龙安府杨柳蕃人进犯松潘卫金瓶堡，杀死朝廷守将，一时川西震惊。巡抚雒遵派遣总兵官李应祥率兵前去征讨，一举平定了该地。雒遵因功入朝，以都御史掌都察院事。