都御史，一般而言都是三四品的高官，从名份上来说，他们是巡按御史的上级。所以巡抚致巡按的公文称之为“劄付”，而巡按致巡抚的公文则只能称“具呈”。抚、按会议政事，巡抚正座，巡按旁座。这种上下级的关系，在弘治朝时还是被朝廷所肯定的。

但到了嘉靖时期就开始有变化了，一开始巡按自称“佥坐”，后来甚至开始与巡抚平等相交，互称“侍教生”，并且经常生品秩低得多的巡按论劾巡抚，而巡抚只得唯唯听命的事件。