引起了心学派大佬们的注意，开始着力培养，不久之后便右迁归德推官，又转南京户部主事，督理凤阳仓。到了万历二年，再转户部郎中，不久出任赣州知府，任上因丁忧而去职。

丧期结束，申时行依然没有忘记他，立刻给他补了安庆知府。万历十年，郭朴、张四维交接权力之时，申时行又为他运作了一番，于是出任浙江巡海兵使。在此任上，他创制“叶公神铳”，并交与松江徐家准备进行军工私营，作为“防备倭寇”之用。