从万历三十六年十一月到万历四十年九月，大明朝廷的内阁理论上的首辅大臣是李廷机，但是这期间李廷机一直在给万历皇帝写辞呈，前后写了一百二十三封，是一天班儿没上过。而万历皇帝不光是对此始终没有作出答复，也没有再下旨廷推。实际上便是由名义上的次辅叶向高行使首辅的权力，期间亦是晋为太子太保文渊阁大学士。

万历四十年九月，实在受不了了的李廷机干脆不打招呼直接跑回了福建老家，万历皇帝