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小智和皮卡丘前往阿罗拉地区，获得了能够增强宝可梦能力的Z手环，剧情不在是曾经的打道馆挑战宝可梦联盟，而是一起与同学莉莉艾、卡奇、水莲、玛奥、马玛内体验校园生活，目标是毕业，本作的风格与前作有较大的变化，着重展现宝可梦生机勃勃的生态，情节较偏向主角们的日常生活。

最后的阿罗拉联盟对战，小智的鬃岩狼人（黄昏的样子）击败格拉吉欧的鬃岩狼人（黑夜的样子），获得阿罗拉联盟