1941年初，日美关系趋于紧张。魏敦瑞提出，珍贵的帝京猿人化石继续留在日军统治下的北平很不安全，建议将化石暂时转运至美国纽约自然历史博物馆保存，待战后再运至中国。经多次交涉，中美双方就此事达成协议。11月中旬，美国驻华大使馆自重庆来电，指令美国驻帝京公使馆负责转运事宜。

11月20日，帝京协和医院奉命将帝京猿人化石秘密装箱。装箱的化石有：头盖骨5枚，头骨碎片15枚，下颌骨14枚，锁骨