原翰林学士方孝孺迁任吏部尚书，兵部尚书仍由茹瑺担任。户部尚书依旧由王钝担任，原吏部尚书张紞迁任礼部尚书，郑赐仍任工部尚书，刑部尚书由雒佥担任。

确定了六部主官，朱棣又宣布改原来的大都督府，现在的亲军都尉府为五军都督府，由大将军丘福与朱能各任左右大都督，分管中军，左军，右军，前军，后军。

改兵马司为五城兵马司，掌管京城巡捕盗贼，疏理街道沟渠及管理囚犯火禁之事。设立东、南、西、北、