有吏员新参，盐引线，网罟之征等，也是羡余的来源。

存留与羡余的支出一般为各地的办公费用，并用于赈灾，营建，水利等公共事业，到了大明晚期，这些费用，一般被用于各地官员的宴饮，送礼，或是官将们以羡余养家，中饱私囊等，也有很多地方用来抵补正额钱粮。

存留与羡余，都是各地官府卫所的小金库，首先的来源，便是向军民百姓征收税粮，为了多留存留与羡余，除了正税之外，还有各样七七八八的常例。