从事反袁斗争，袁世凯死后，陕西爆发了反对陈树藩的斗争。一九一八年一月，胡景翼、曹世英、刘觉民等人在三原树陕西靖旗，请于回陕主持。八月，于回陕就任陕西靖总司令，指挥这支武装坚持四年有余，成为北方地区唯一响应孙中山护法运动的军事、政治力量。一九二二年五月陕西靖解体，于于当年八月到上海向孙中山汇报了陕事经过，并协助孙中山进行中国的改组工作。此时，东南高等师范专科学校学生驱逐了不称职的原校长，请于出任校长