一九四零年底,黄克诚率八路军第二纵队南下与新四军会合后,成立了统一指挥华中八路军和新四军的华中总指挥部,赖传珠任参谋长。皖南事变后,任新四军参谋长,参与了新四军的整编工作。在一九四一年初的苏中、苏北根据地反“扫荡”期间,指挥新四军第一师主力,打垮了公开投降日寇的国民党李长江部,并部署苏中新四军和淮南地区军民作战数十次,胜利地粉碎了日军对抗日根据地的“扫荡”。一九四一年五月**华中局成立,并