汤若望因患病口舌结塞，不能清晰发言，只好用拉丁文和德文与南怀仁交谈，再由南怀仁当堂翻译成中文以备讯问。

杨光先控告的第一项罪名是“谋叛”。讯问大多集中在与教会、教堂和传教士相关的问题上。官员们认为不论省城要地还是乡邑僻壤，都能看到传教士的足迹，对“翼期天下人皆入尔之异教”大惑不解，认为这无论如何难逃“起异心者”、“朋比协某”的怀疑。在审理过程中，官员提出大量问题，而被问及最多的就是传教士