于驻厂军事代表的派驻体制比较分散，出现了各军种、同一军种甚至同一军种同一机关的不同部门，同时向一个装备研制生产企业派出军事代表机构和人员的现象。

此外，由于驻厂军事代表的工作和生活保障责任不够明确，个别军事代表在接受装备科研生产企业提供的住房、车辆等情况下，受现实利益的影响，对装备质量带来各种严重隐患。

二零一零年，军委为此专门出台了《装备采购制度调整改革方案》和《军事代表制度