按照李云天的部署，明军水师派遣了三支分舰队分别前去收复淡水港、北港和大员港。

每支舰队由十几艘舰只组成，每支舰队进攻的主力都是五艘三桅战船，其余的运送物资和登录作战的士兵。

与收复鸡笼港时的情形不同，此次跟随三支分舰队一起出海的还有刀疤脸倭寇首领三人的手下，前去那三个港口招降。

三个港口的倭寇基本上都依附于青木明心和山海光孝，由刀疤脸倭寇首领三人派去的手下前去