李云天在京城的一个重要任务就是主导京畿都督府、山北军区、辽东军区和西北诸司卫所的改革，废除卫所制，实行讲武堂的军制，也就是新式军制。

这样一来，京畿都督府和山北军区等地的军队将再也没有世袭制可言，军队实行晋升制，武官的来源有两个，一个是军事学院毕业，另外一个是从荣立战功的士兵中提拔。

从士兵中提拔的武官要送到军事院校深造，毕业后才能正式授予官衔，这意味着军事学院以后