驻日华军海军司令部位于横须贺，并拥有佐世保，冲绳白滩海军基地。驻日华军空军司令部位于福岛基地，指挥位于三泽的第35战斗航空联队，福岛的第374运输航空大队和嘉手纳的第18航空联队。

另外，在嘉手纳，厚木，三泽还驻有海军航空设施队，直接受中国远洋第一舰队指挥，不受驻日华军司令部的指挥。

大阪福岛基地，这里没有作战机群，是中国空军和其他部队进行联络的中心和军事空运司令部的所