先保证陕西、山西、河北、河南等地的都指挥使由稍有经验的高级将领担任外，其余大部分行省的都指挥使都是暂由布政使这样的文官兼任。

同时，朱允炆为了握紧军权，他不再任命新的五军都督。这就使得五军都督府成了一个空衙，由兵部直接统领天下卫所，一切军权都归属兵部。

蓬莱所是独立千户所，他就和正常的军卫一样直属山东都指挥使，而然，这仅仅是一个名义，蓬莱千户所名义上属于朝廷，各种形式上的文书报