南部沿海地区的河防海防；沿江水师下辖四都水营，编一万两千水军,分别驻于荆北鄂州、江东扬州、江东建邺以及江东崇州（扬、泰、崇三州从淮南路划出，划入江东路）。

信阳、颍州、寿州水师合并为沿淮水师，下辖五都水营，编一万五千水军，分别驻于陈州、信阳、寿州、楚州及徐州。

两支水师皆独立设制行辕衙署，沿江水师衙署驻于建邺，沿淮水师衙署驻于寿州，分别以余珙、许凌为统制官；水师衙署主要负责水师