至明朝隆庆年间，太医院已经形成“十三科”医学分类，某种意义上讲，那就是中国古代中医较为完备的分类，也是中医发展里程碑。

所谓十三科，一般分为大方脉、方脉、妇科、疮疡、针灸、眼科、口齿、咽喉、伤寒、接骨、金镞、按摩、祝由十三门类，后来又调整为“十一科”，其中，接骨改为“正骨”。

后期渐渐发展为经方、妇科、疮疡、针灸、眼科、口腔科、耳鼻喉科、伤寒、正骨、按摩、儿科，金镞归到