巨山岛共计二十四个自然村，属于巨山县的有十二各个村，组成巨山岛乡。另外的十二自村属于湖西市西巨山岛乡。

整个巨山岛被龙海市和湖西市分为两半。

而巨山岛的制高点就是商朝著名宰相微子墓和宰相目夷墓，再向东就是汉代军事家宰相张良墓，这三个墓群中，张良墓和微子墓属于龙海市运河县的巨山湖乡管辖，目夷墓测属于湖西市巨山县西巨山岛乡管辖。

每个墓群都建有祠堂。三个墓群