父村上隆胜被杀死，在父亲村上义忠死后，还是幼童的武吉早早便已卷入与异母兄弟村上益义争夺家督宝座的风波之中；借助尼子家族势力支持的村上益义，打败了倚重大内家族的村上武吉与其叔父村上隆重。

不得已之下村上武吉被迫流亡至九州岛，逃入肥前菊池家族的领地内以避开村上益义的追捕；后来，村上武吉的叔父村上隆重反攻成功，又将村上益义打败，村上武吉才得以再次回到能岛并继任成为村上家族的新任家督，而失败