由海路运送入本愿寺，能岛村上家族本来就是异常热诚的一向宗徒；村上武吉不敢懈怠，很快便组织了一支由八百艘各式船舶组成的船队出发。

运送途中，村上水军与织田家的九鬼水军、安宅水军于木津川口遭遇，村上水军倚仗本身精熟的操舵技术将织田水军打得七零八落，从此村上武吉就成了织田家族进攻本愿寺的头痛人物。

为了有效反制村上水军，织田信长采用双管齐下的方法，一方面离间已有心结的来岛村上