有明一朝，督抚大员始终是名义上的钦差大臣，代表朝廷驻节地方，抚境安民，监督三司。但自正统后，由于社会矛盾激化，权柄分立、推诿扯皮的三司显然已经不能胜任，必须要通过集权来提高官府的动员力，应对层出不穷的民变和叛乱。

于是督抚渐渐成为实际上的封疆大吏，一般各省都设有巡抚，统管一省之民政、司法、军事。在一些数省交界的要紧处，还设有特别巡抚，比如赣南巡抚、郧阳巡抚、辽东巡抚等。