满而举兵造反，期间甚至另立了兴安君李瑅为国王，让国内局势变得岌岌可危。

后来李倧好不容易平定了国内叛乱，但也只太平了两年多，便爆发了丁卯胡乱，后金军在主将阿敏的率领下，一路连克义州、定州、郭山、安州、平壤、黄州、平山诸城，而李倧也撤离了汉城逃亡到江华岛躲避战乱。这场战争最后以朝鲜投降议和，向后金开市并缴纳岁币而告终。

李倧在位期间唯一值得庆幸的是，东边的强邻日本在这个时期正在搞